پان ژنوم

پان ژنوم در زمینه‌های زیست شناسی مولکولی و ژنتیک، یا supragenome، مجموعه‌ای از ژن‎‌ها برای همه سویه‎‌ها در یک clade (گروهی از موجودات که از یک جد مشترک تکامل یافته‌اند) است و یا همه ژن‌ها و تنوع ژنتیکی درون یک گونه را توصیف می‌کند . در ابتدا پان ژنوم برای گونه‌های باکتری و آرکئا ساخته شد، اما اخیراً پان ژنوم‌های یوکاریوتی به خصوص برای گونه های گیاهی توسعه یافته است. مطالعات انجام شده در مورد گیاهان نشان داده است که پویایی پان ژنوم با عناصر قابل انتقال (ترانسپوزون) مرتبط است و همچنین مطالعات در مورد انسان نیز حاکی از آشکار شدن اطلاعات بیولوژیکی است. اهمیت پان ژنوم در یک زمینه تکاملی به‌وجود می‌آید، به خصوص در ارتباط با متاژنومیک، اما همچنین در یک زمینه ژنومیک گسترده‌تر استفاده می‌شود .

منابع

1- Tettelin, H; Masignani, V; Cieslewicz, M. J.; Donati, C; Medini, D; Ward, N. L.; Angiuoli, S. V.; Crabtree, J; Jones, A. L.; Durkin, A. S.; Deboy, R. T.; Davidsen, T. M.; Mora, M; Scarselli, M; Margarit y Ros, I; Peterson, J. D.; Hauser, C. R.; Sundaram, J. P.; Nelson, W. C.; Madupu, R; Brinkac, L. M.; Dodson, R. J.; Rosovitz, M. J.; Sullivan, S. A.; Daugherty, S. C.; Haft, D. H.; Selengut, J; Gwinn, M. L.; Zhou, L; et al. (2005). "Genome analysis of multiple pathogenic isolates of Streptococcus agalactiae: Implications for the microbial "pan-genome". Proceedings of the National Academy of Sciences. 102 (39): 13950-5. Bibcode: 2005 PNAS.10213950T.

2- Medini, Duccio; Donati, Claudio; Tettelin, Hervé; Masignani, Vega; Rappuoli, Rino(2005). "The microbial pan-genome". Current Opinion in Genetics & Development. 15 (6): 589–594. PMID 16185861.

3- Vernikos, George; Medini, Duccio; Riley, David R; Tettelin, Hervé (2015). "Ten years of pan-genome analyses". Current Opinion in Microbiology. 23: 148–154. PMID 25483351.

4- Morgante M, De Paoli E, Radovic S (April 2007). "Transposable elements and the plant pan-genomes". Curr Opin Plant Biol. 10 (2): 149–155. PMID 17300983.

5- Gordon SP, Contreras-Moreira B, Woods DP, Des Marais DL, Burgess D, Shu S, Stritt C, Roulin AC, Schackwitz W, Tyler L, Martin J, Lipzen A, Dochy N, Phillips J, Barry K, Geuten K, Budak H, Juenger TE, Amasino R, Caicedo AL, Goodstein D, Davidson P, Mur LA, Figueroa M, Freeling M, Catalan P, Vogel JP (December 2017). "Extensive gene content variation in the Brachypodium distachyon pan-genome correlates with population structure". Nature Communications. 8 (1): 2184. Bibcode: 2017NatCo...8.2184G. PMC 5736591. PMID 29259172.

6- Contreras-Moreira B, Cantalapiedra CP, García-Pereira MJ, Gordon SP, Vogel JP, Igartua E, Casas AM, Vinuesa P (February 2017). "Analysis of Plant Pan-Genomes and Transcriptomes with GET_HOMOLOGUES-EST, a Clustering Solution for Sequences of the Same Species". Front. Plant Sci. 8: 184. PMC 5306281. PMID 28261241.

7- پان ژنوم جدید انسان اطلاعات بیولوژیکی همه را آشکار می‌کند.